Церковь была построена в 1813 - 1828 годах на месте прежней пятиглавой Покровской церкви XVII века. “усердием прихожан купцов: Филиппа, Киприана и Кирилла Максимовичей Кисловых” в память о заступничестве Богоматери, которая своим Покровом оградила Коломну от наполеоновских войск в 1812 году, с приделами в честь Смоленской иконы Божией Матери и святителя Григория Богослова. В 1827 г. храм был освящён святителем Филаретом (Дроздовым), митрополитом Московским и Коломенским. Церковный двор был обнесён каменной оградой с железными решётками.Последним настоятелем Покровского храма был протоиерей Александр Александрович Флёрин. 17 августа 1937 г. его арестовали по ложному обвинению и 14 октября того же года он был расстрелян на Бутовском полигоне под Москвой. В советское время после закрытия церкви в ней размещалась биржа труда, затем - цех завода фурнитуры. Ко времени возвращения церкви общине Русской Православной Церкви в 1996 году, она имела много утрат: были разобраны барабан храма, верхние ярусы колокольни, зонты над папертями.