Церковь была основана в 1251 году. В начале являлась частью монастыря монахов-гумилиатов, появившихся во Флоренции в 1239 году. Хотя их устав и был одобрен Папой Гонорием III, позднее мужская ветвь ордена подпала под влияние ереси вальденсов и была запрещена. Около 1310 года по их заказу для главного алтаря Джотто написал образ «Маэста», ныне в галерее Уффици. В ризнице храма хранятся другие работы XIV века, такие, как фреска «Распятие» Таддео Гадди и «Крест» Джотто. В XIV веке была пристроена к церкви стройная колокольня. В 1571 году гумилиаты покинули церковь и монастырь по воле Козимо I, который передал их монахам францисканцам-обсервантам. Францисканцы принесли в церковь великую святыню, монашескую рясу святого Франциска Ассизского, которая была на нём в 1224 году во время получения стигматов на горе Ла-Верна. Они отремонтировали церковь и в 1582 году заново освятили её в честь Святейшего Спасителя и Всех святых. В 1637 году храм приобрёл свой современный вид, сменив готические черты на барокко. В этом году по проекту Маттео Ниджетти у церкви появился новый фасад в стиле флорентийского барокко, построенный на средства семьи Медичи-Неофити, крещённых евреев, находившихся под покровительством великих герцогов. Над главным порталом поместили терракотовый рельеф Бенедетто Бульони «Коронация Девы в окружении святых». В 1770 году Джузеппе Ромеи расписал потолок храма, создав цикл фресок «Небесная слава святого Франциска». В 1866 году монастырь был окончательно упразднен. В 1923 году в его постройках разместились казармы карабинеров. У францисканцев осталась только церковь, получившая статус приходского храма. В настоящее время церковь и приход курируют францисканцы-непорочники. В церкви находятся погребения Сандро Боттичелли, Каролины Бонапарт, Джованни Антонио Сантарелли, Симонетты Веспуччи, Луиджи дель Буоно.