Представление о построенном в 1886-1897 гг. пятиглавом двухсветном храме во имя иконы Черниговской Богоматери дают иконографические источники и описание храма. Последнее приводится в уже упоминавшемся издании 1899 г., посвященном Гефсиманскому скиту и пещерам при нем, автор которого своими глазами видел новопостроенный надпещерный храм во всем его великолепии. "По наружному своему виду храм во имя Черниговской иконы Божьей Матери очень красив. Он устроен в древнерусском стиле XVI века. В длину новый храм имеет от паперти до горнего места 18 сажен, в ширину с приделами 15 сажен, а в вышину с крестом около 20 сажен... Верх храма увенчан куполами в древневизантийском стиле; на среднем из них глава и крест вызолочены чрез огонь, а остальные увенчаны вызолоченными крестами и украшены такими же подзорами. На фронтоне храма находятся писанные по вызолоченному фону изображения святых". Боковые приделы Борисоглебский и Ильинский. Сооружен над пещерами Черниговского скита. Закрыт в 1922 г, перестроен внутри. Возвращен верующим в 1990г, отремонтирован.В соборе хранилась чудотворная иконы Божией Матери Черниговская-Гефсиманская (прославилась в 1869, в 1930-х утрачена). В настоящее время в соборе хранятся мощи прп. Варнавы Гефсиманского .