Церковь была построена в 1230 году на берегу Арно и названа Санта-Мария ди Понтеново (Santa Maria di Pontenovo), что означало “Санта-Мария у Нового моста”. Мост был разрушен в XV веке и после этого уже не восстанавливался. В 1333 году в церковь перенесли реликвию - шип тернового венца Христа, в честь которой церковь получила современное название (по-итальянски "spina" — "шип", "колючка").